Progoni bogumilaKrajem XII veka, među Srbima, i drugim balkanskim Slovenima, je bilo veoma rasprostranjeno slovensko hrišćansko učenje nazvano bogumilstvo. Glavna politička tendencija bogomilstva bila je otpor vizantijskoj državnoj i crkvenoj vlasti. Govorili su da su svi ljudi braća, odbacujući crkvenu jerarhiju u ime evanđeoskog ravenstva.
Soko Grad je bio jedno od uporišta tokom bogumila.
"Uče svoje da se ne pokoravaju vlastima, kore boljare, rugaju se starešinama, smatraju Bogu mrskim onog koji rabota za cara i robovima govore da ne služe za svoje gospodare".Bogumilima je prilazilo zavisno stanovništvo kome su dažbine teško padale. Seljaci u Raškoj su morali da plaćaju soće vladaru i desetak vlastelinu, da rade svake nedelje na vlastelinskom imanju i da učestvuju u vojnim pohodima, uglavnom kao pešadija. Učenje bogumila je u Raškoj za kratko vreme steklo veoma mnogo pristalica. Po povratku sa osvajačkih pohoda, Nemanja je sazvao Sabor protiv bogumila u Raškoj oko 1186. godine, nakon kog su započeli surovi verski progoni, koji su najviše pogađali bogumile i pristalice stare slovenske vere. Iako je deo vlastele na saboru otvoreno stao na stranu bogumila i usprotivio se bilo kakvoj akciji protiv njih, Nemanja je, ipak, uz pomoć raškog episkopa Jeftimija, preokrenuo tok sabora u svoju korist, nakon čega je otpočeo da vrši kaznene ekspedicije po Raškoj. O tome svedoči i Nemanjino žitije:
"...jedne popali, druge raznim kaznama kazni, treće progna iz države svoje a domove njihove i sve imanje sakupi, razda prokaženim i ubogim... Učitelju i načelniku njihovu jezik ureza u grlu njegovu, što ne ispoveda Hrista, sina božjeg".— Stefan Prvovenčani, „Žitije svetog Simeona“
Oni koji nisu prihvatali službeno hrišćanstvo proglašeni su jereticima i kažnjavani su telesnim kaznama — spaljivanjem na lomači, sečenjem jezika, žigosanjem po licu, progonom iz zemlje, oduzimanjem imanja i drugim drakonskim merama. U ovim pogromima spaljene su i slovenske apokrifne knjige koje su predstavljale najstarije spomenike raške i makedonske škole Nemanjini progoni su bili toliko žestoki da su „dobrili obrise građanskoga rata“, u kome su stradali i pojedini gradovi, uključujući Soko Grad u kanjonu Moravice, koji je bio jedno od uporišta bogumila. Mnogi bogumili su tada pobegli u okolne zemlje, a posebno u Bosnu, gde su našli utočište pod okriljem Crkve bosanske i „dobrog bana Kulina“, koji ih prima kao dobre hrišćane.
Pregovori sa Barbarosom i krstaški napadi na VizantijuPosle sloma druge normanske ofanzive na Balkansko poluostrvo (krajem 1185), vizantijski car Isak II (1185-1195, 1203-1204) je stupio u pregovore sa Belom III oko okončanja neprijateljstava. Napravljen je dogovor da se car oženi Belinom ćerkom Margaritom, a da kao miraz Vizantiji budu vraćeni gradovi i oblasti u moravskoj dolini, koji su većinom bili u Nemanjinim rukama. Ovaj događaj ostavio je Rašku bez jakog saveznika, zbog čega je Nemanja bio primoran da pronađe drugog jakog saveznika. Istovremeno je nastavio ofanzivu i širenje svojih oblasti, oslanjajući se na vizantijsku zauzetost pobunom na prostoru današnje Bugarske koju je pomagao.
Sveti rimski car Fridrih Barbarosa tokom III krstaškog pohoda.
Pad Jerusalima 02.10. 1187. godine, pokrenuo je III krstaški pohod na Svetu zemlju. Deo krstaša, predvođen svetim rimskim carem Fridrihom Barbarosom, planirao je da prođe kroz Nemanjine zemlje, što je veliki župan pokušao da iskoristi, uzdajući se u neprijateljstvo Fridriha i Vizantije usled sukoba na prostoru današnje Italije. Njegovi izaslanici su na Božić 1188.godine u Nirnbergu, predložili svetom rimskom caru da se sastane sa Nemanjom koji će mu omogućiti bezbedan prolazak i snabdevanje kroz Rašku.
Do susreta dvojice vladara došlo je 27.07.1189. godine u Nišu. Nemanja je u pratnji svog brata Stracimira ponudio Fridrihu:
* 20.000 vojnika spremnih na rat sa Vizantijom
* stupanje Raške u vazalne odnose sa Svetim rimskim carstvom
zauzvrat, Nemanja je tražio da mu se priznaju sva dotadašnja i buduća osvajanja.
Sličnu ponudu su, tom prilikom, izneli i ustanici sa prostora današnje Bugarske, nudeći 40.000 vojnika. Fridrih nije prihvatio ove ponude, tako da nije došlo do stvaranja saveza, ali je ta opcija ostala otvorena, o čemu svedoči i ugovoreno venčanje između Miroslavljevog sina Toljena i ćerke Bertolda od Andeksa, istarskog grofa i titularnog vojvode Hrvatske i Slavonije, do kojeg na kraju ipak nije došlo.
Krstaška vojska je iz Niša nastavila niz Via Militaris ka Serdici i Hadrijanopolju, a iza nje je nastupao Nemanja sa svojim trupama nastavljajući osvajanja Vizantijskih oblasti. Stalni pljačkaški napadi na krstaše doveli su do otvorenih neprijateljstava i Fridrihove snage novembra 1189. godine, posle opsade, zauzimaju Hadrijanopolj i otpočinju sa pripremama za udar na Carigrad. Zbog toga dolazi do obnove pregovora o savezu sa Nemanjom i ustanicima sa prostora današnje Bugarske, a Fridrih pokreće i svoju flotu (na čijem se čelu nalazio njegov sinom Henrikom (1191—1197)) ka Carigradu, da bi izvršio pomorsku blokadu vizantijske prestonice. Međutim, ove akcije bivaju prekinute 14. februara 1190. godine, kada dolazi do zaključenja mirovnog ugovora po kome su krstaši prebačeni u Malu Aziju da nastave svoj pohod ka Jerusalimu.
Oslobođen opasnosti od Fridrihovog napada, Isak II pokreće svoje trupe, prvo ka prostoru današnje Bugarske, a potom i ka Nemanji koji je u međuvremenu osvojio Pernik, Zemen, Velbužd, Žitomisk, Stobi i Skoplje. Vizantijska vojska je nadirala sa juga i Nemanja se pred njom povlačio, da bi negde na Južnoj Moravi (u jesen 1190.ili početkom 1191. godine) došlo do bitke u kojoj je Vizantija odnela odlučnu pobedu. Nemanja se nakon toga povukao, dok su Vizantinci opustošili taj deo Raške, spalivši i jedan Nemanjin dvorac, najverovatnije nedaleko od današnje Kuršumlije. Posle tih dejstava, došlo je do sklapanja mira, prema kome je:
* Nemanja morao da vrati Pernik, Zemen, Velbužd, Žitomisk, Stobi, Skoplje, Niš, Ravno i kontrolu nad pravcem Via Militaris
* Nemanji su priznata ranija osvajanja (Kosovo sa Lipljanom, Metohija do Prizrena)
* Nemanju nasleđuje njegov srednji sin Stefan, koji dobija titulu sevastokratora i Isakovu bratanicu Jevdokiju za ženu, a ne najstariji Vukan.
Poslednji rat, Nemanja je vodio, 1192. ili 1193. godine, protiv Mađara, koji su napali Rašku. Detalji ovog sukoba nisu poznati, ali je izvesno da su Vizantinci sa nekoliko odreda potpomogli srpsku odbranu i da se ceo sukob okončao bez nekih teritorijalnih promena, nakon pritiska koji je na kralja Mađarske Belu III izvršio papa Selestin III (1191—1198), na insistiranje Isaka II.